در حال حاضر پوهنتون بدخشان  دارای  پوهنځی های زیر است:

۱ –  پوهنځی تعلیم وتربیه:. پوهنځی مزبور۶ دیپارتمنت زیر را دربر می گیرد.

ـ  بخش ریاضی

ـ  بخش کــیمـــــیا

ـ  بخش بیــولـــــوژی

ـ  بخش فــزیـــــــــــــک

ـ  بخش کمپیوتر ســاینــــــس

ـ  بخش فرهنگ وعلوم اسلامــــــی

۲- پوهنځی ادبیات وعلوم بشری: این پوهنحی اکنون  مشمول ۷ دیپارتمنت زیر می باشد:

ـ  دیپارتمنت زبان وادبیــــــات پارسی دری

ـ  دیپارتمنت زبان وادبیات عربـــی

ـ  دیپارتمنت زبان وادبیات پشتــــــو

ـ  دیپارتمنت زبان وادبیات انگلیسی

ـ  دیپارتمنت تاریـــــــخ

ـ  دیپارتمنت جغرافیـــه

ـ  دیپارتمنت ژورنالیزم

اما قابل یادآوری است که، پوهنځی های حقوق وعلوم اجتماعی هم ازسوی وزرات تحصیلات عالی تایید وتثبیت گردیده وقرار است  درسال پیش رو درچهارچوکاټ پوهنتون بدخشان به فعالیت آغاز نمایند.

گفتنی است که، بافعال شدن پوهنځی ی علوم انساني، رشته های تاریخ وجغرافیه از زیرچتر ادبیات فارغ شده وتحت قلمرو پوهنځی ی علوم انساني واقع خواهند شد.

۳- پوهنڅی زراعت: اين پوهنځی با داشتن ۳ دیپارتمنت  ذیل فعالیت دارد،  جذب واستخدام استادان کادری و کارآزموده  دراین حوزه ی علمی کماکان ادامه دارد.

ـ  دیپارتمنت مالداری

ـ  دیپارتمنت باغداری

ـ  دیپارتمنت جنگلات

۵- پوهنځی  شرعیات: که فعلاً ۲ دیپارتمنت آتی را درچوکات خویش دارا بوده:

ـ فقه وقانـــــــــون

ـ تعلیمات اسلامی

درسال جاری شمار اساتیدی که در پوهنتون بدخشان به کارهای علمی، تحقیقی وآموزشی مشغول اند، دست کم به ۸۵ تن می رسد، اما درخوریادآوری است که روند اعلام بست های کادری و  جلب وجذب استادان واجد شرایط کماکان جریان داشته واین یک روند مستمر وسیال است…

درسال ۱۳۹۲ خورشیدی آمار محصلين پوهنتون بدخشان به ۲۷۶۱ بالغ شده است ،البته ۲۱۲۰ تن آن را محصلين ذکور تشکیل می دهد، وتعداد۶۴۱ تن آن از قشر اناث می باشند که به فراگیری علم وتحصيل مصروف اند.

گفتنیست که شمار ۹۰ محصلين دیگر در بخش شبانه ی این نهاد علمی تحصیل می کنند

لیکوال : عبدالله