نفوذ دولت بابریه (۱۵۰۴ – ۱۷۰۷)
در اوایل قرن ده هجری که مملکت افغانستان بین کشمکش حکومتهای شیبانی و صفوی گرفتار بود شخصی بنام بهلول لودی در سال ۸۵۵ هجری قمری (۱۴۵۱میلادی) تاج و تخت دهلی را نیز تصاحب کرد و سلسله لودی را که هفتاد و پنج سال دوام کرد تأسیس نمود.
ظهیرالدین محمد بابر بزرگترین فرزند عمر شیخ شاهزاده تیموری بود که بر فرغانه حکم می‌راند. ولی پس از آنکه بر جای پدر خود نشست، ترکان ازبک تمامی ملک و موطن وی را تصرف کردند، وی در سال ۹۱۰هجری قمری (۱۵۰۴میلادی)، شکست خورده و پریشان، به همراه چند صد نفر از وفادارانش سفری را به امید فتوحات احتمالی آغاز کرد که آخر مؤسس امپراتوری مغولان هند شد. ظهیرالدین مانند جدش تیمور لنگ ترک بود و به ترک بودنش مباهات میکرد و همچنان مدعی بود که نوه چنگیزخان است. او شهر کابل رابرای آب و هوای مطبوع و اهمیت بازرگانی و سوق جیشی آن به عنوان مرکز خویش برگزید. بعد از فتح هند دیگر هیچگاه به کابل بر نگشت، اما بنا به وصیت خود، جسدش را بعد از مرگ به این شهر آورده و در باغی که خودش بنام باغ بابر (این باغ تا هنوز به همین نام موجود است) دایر کرده بود منتقل و دفن نمودند.
پس از مرگ بابر ستاره اقبال امپراتوری تازه تأسیس یافته مغول برای مدت بیست سال در حضیض بود. یکی از بسته گان لودیها شخصی بنام فرید شیر شاه سوری تخت و تاج هند را از همایون فرزند و جانشین بابر تصاحب نمود، و سلسله‌ای را بنام سوریها را بنیان گذاشت. همایون مدت پانزده سال در تبیعد بسر برد و عاقبت به کمک ایران قندهار و کابل را دو باره بدست آورد. در سال ۹۶۲هجری قمری (۱۵۵۵میلادی، دهلی را نیز دوباره به کف آورد. اکبر شاه پسر همایون بعد از پدرش به تخت نشست و امپراتوری مغولان هند را دوباره تثبیت ساخت. اکبرشاه بسال ۱۰۱۴هجری قمری (۱۶۰۵میلادی، چشم از جهان فرو بست، و پسرش جهانگیر بر جایش نشست. در این دوره است که باز رهبران محلی اینجا و آنجا سر بلند کرده از هر طرف صدای استقلال خواهی بگوش می‌رسد. در دوره حکومت شاه جهان، شاعر جنگجوی مشهور پشتون بنام خوشحال خان ختک از کوههای سلیمان سر برآورد.
خوشحال در چندین مصاف با مغولان جنگید. شاه جهان حکومت پشاور را به خوشحال خان بخشید، اما اورنگزیب بعد از آنکه پدرش شاه جهان را خلع و خود بر مسند امپراتوری مغول تکیه زد تمام صلاحیتهای خوشحال را محدود نموده آخر او را به زندان افگند. حکومت طولانی اورنگزیب همراه با شورشهای مداوم قبایل پشتون مواجه بود؛ خوشحال خان در گروگان سپاهیان مغول بود و ایشان هم همواره تلاش میکردند تا شورش قبایل را سرکوب نمایند، او حتی در زندان نیز عمیقترین انزجار و تنفر خود را توسط اشعارش نسبت به مغولان تبارز میداد. خوشحال بعد از دوسال از زندان رها شد و بقیه عمر خود را در مبارزه علیه ایشان سپری نمود، او همیشه سعی میکرد تا اقوام پراگنده پشتون را علیه مغولان متحد سازد. با مرور زمان شالوده‌های امپراتوری مغولان هند بر اثر سوء تدبیرهای اورنگزیب سست گشت، و این امپرتوری در فاصله کوتاهی پس از مرگ اورنگزیب در سال ۱۱۱۸هجری قمری (۱۷۰۷میلادی) تجزیه شد و از هم پاشید.
در فروپاشی امپراتوری مغولان هند افغانها بی تأثیر نبودند. طی دویست (دوصد) سالی که مغولان حکومت هند را در دست داشتند، شهرهای مرزی افغانستان از سه سو مورد کمکش و محل منازعه بودند: مغولها از یک سو، ایرانیها از سمت غرب، و ترکان ازبک از سمت شمال. کابل، هرات و قندهار بارها میان این مدعیان متخاصم دست به دست شدند.
به هر حال ایام استیلای دولت بابریه هند در افغانستان مفتوحه، با مدنیت پرورئی که داشتند تاثیرات مهمی نکرد، زیرا کانون تمدن و آبادی ایشان در هندوستان قرار داشت.
