نفوذ شیبانی و استراخانی (۱۵۰۰ – ۱۵۹۸ میلادی)
در اوائل قرن دهم هجری محمد شیبانی نام، از اولاد هلاکو خان، که با گروه خود از سایبر یا در ماورا النهر آمده بود، خاندان حکومت گورکانیه را برانداخته و حکومت ازبکیه تشکیل نمود. اینها دوازده نفر از سال ۹۰۶ هجری تا سال ۱۰۰۷ بحکومت خودشان در ماوراالنهر دوام داده و هم شاخه ی از اینها حکومت محلی خوارزم را در دست گرفتند.
در هر حال حکومت شیبانی به عالوه ولایت خوارزم در ولایت تخارستان افغانی نیز دست انداخته و حتی بر ولایات بلخ و مرو مسلط شدند، یعنی اینها منحصر به این ولایات نبوده بلکه به ولایات هرات و نیشابور نیز کشیده می شد. مرکز عمه ی شیبانی ها سمرقند و بخارا بوده ، به ولایات متصرفه ی افغانی برای جلب مال توجه نداشتند و تخریبات اینها یکقرن دیگر در ولایات تحت سلطه ی ایشان در افغانستان دوام نمود.
در اوائل قرن یازدهم هجری دسته ی دیگر به نام خوانین استراخان که از طرف روسها منقرض و طرد شده به دربار شیبانی پناه آورده بودندف جای امراء شیبانی را در ماوراالنهر اشغال و سیزده نفر از سال ۱۰۰۷ هجری تا سال ۱۱۶۷ به حکومت خود ادامه دادند . اینها نیز به طریق اسلاف خود از دست اندازی و تخریب و تاراج در ولایات شمالی افغانستان خودداری نکردند . نفوذ مستقیم ایشان به ولایت تخارستان افغانی کشیده شد و گاهی هم نیز در بلخ مستولی میشدند.و راجع به تصاحب ولایت آخری بین آنها و حکومت صفوی فارس و بابریه هند نزاع و کشمکش جاری بود، اما ولایت هرات را بالاخره صفوی ها از آنها گرفتند، به هر حال حکومت مستقیم و غیر مستقیم شیبانیه و استراخانی در ولایات شمالی افغانستان سبب تخریب و تاراج ، تنزل و انحطاط علمی و اجتماعی گردیده ، ترقی دوره دولت تیموریه افغانستان را مثل خواب خوشی از خاطره ها محو نمود.
